日本で最も多い原因は、約8割をしめるスギ花粉です。九州では2月上旬、関東では2月中旬、東北地方では3月上旬から中旬に飛散し始めることが多く、約2カ月間続きます。花粉は、日中、晴れた日に多く飛散します。しかし、近年飛散量が増えているヒノキ科の花粉がスギ花粉より1カ月から1カ月半遅れて飛散するので、症状が長引く場合はヒノキ花粉症を併発している可能性があります。

北海道にスギは少ないので、スギ花粉症はほとんどありませんが、4月から6月にかけてシラカバやハンノキなどのカバノキ科の花粉が飛散し花粉症を引き起こします。近畿地方ではカバノキ科のヤシャブシが多く植林され、ヤシャブシ花粉症が問題になっています。花粉は1月から4月にかけて飛散します。

花粉症の原因となるイネ科の植物の代表はカモガヤです。全国いたるところの道端、空き地、土手、河川敷など身近な場所に繁殖し、5月から8月ぐらいまで花粉を飛ばします。

第二次世界大戦後、アメリカから大量に入ってきたブタクサは花粉症の原因としてよく知られていますが、空き地の減少や積極的な刈り取りにより少なくなっています。飛散時期は8月から9月。ヨモギによる花粉症もブタクサと同じくらいみられ、シーズンはブタクサより半月程度遅れます。